小津の商圏は江戸時代のそれを受け継いで、さらに拡充していった。 東京を中心にした関東一円から東日本全体へと、この商圏は鉄道網が整備されるに伴いさらに広がっていった。

　それにしても維新が小津に与えた衝撃は大きく、松阪でも江戸でも政治の変革による大きな波擣を浴びていた。

　一方、江戸の安否が気づかわれる情勢は日毎に濃くなり、松阪の本家も、江戸店を預かる人たちも、心休まらぬ日々であった。 だが、それらはもはや一商人の力の超えるものであり、大きな推移には従順であるよりほかはなかった。

　松阪の小津本家に新しい政治の波が及んできたのは、慶応四年（一八六八）四月であった。 京都に樹立された新政府の太政官会計局から、松阪の主だった商人七名に｢至急出頭せよ｣との呼び出しがかかった。 このため各店では申し合わせを行い、それぞれ主人の代理を立てて京へ上がらせた。 用件は新政府で会計基立金を設立して募債するので協力せよというのであり、しかも基金は三百万両という大金であった。 もちろん引き受けられる話ではなく困惑したが、幸いに沙汰止みになり、その後すぐ、今度は呼び出された仲間のなかから、小津清左衛門と長谷川家（次郎兵衛）の両家に会計官御用掛を命じるという沙汰が出るめまぐるしさであった。 両家には道中往来に使用する菊の御紋の入った提灯が下付され、新政府御用商人の役が与えられた。 従来、両家には紀州藩から葵の紋のついた提灯が下げ渡されていたから、それが菊に変わったのであり、新しい時代をひしひしと感じさせる出来事であった。 このとき、小津は長谷川家とともに一万両の上納金の差し出しを命ぜられている。 これは分割納入であったが、納入が完了しないうちに沙汰止みとなった。

　新政府の商業政策はその年の五月に布告された『商法大意』にその要点が示されている。 従来の諸問屋はもとより、商売に携わる者は手広く商売をせよ、諸株仲間の増減は勝手でよい、従来の冥加金上納は廃止するというもので、商法局（商法会所）運用の指針でもあった。 そして、十一月には商法会所元締頭取が置かれて、小津清左衛門はその一員に加えられた。 また、商法司に仲間から肝煎（きもいり）二人を選出せよとの指示があり、このときも長谷川次郎兵衛とともに大伝馬町から肝煎に選ばれた。

　新政府は商法司と並行して貿易商社を設立し、明治二年三月には通商司を置き、商法司を廃止した。 さらに五月には為替会社の創立が指示され、役員が任命されるなど、あわただしい商業政策が続けられていた。

　このときの小津清左衛門の主な役職をまとめると、次のとおりである。

　商法会所　元締頭取（明治元年十一月任命）
　会計官為替方　元締頭取（明治元年十二月十三日任命）
　通商司為替方　頭取（明治二年五月二十四日任命）
　東京為替会社　総頭取（明治二年十二月現在）

　なお、この当時には民生安定のための開墾事業の推進が官民協力で行われ、開墾会社が設立されたが、ここでも総頭取に任命された。

　明治二年七月には貿易商社は東京通商会社と改称され、引き続き総頭取を務めた。 なお、大橋太郎次郎も通商、開墾両社の肝煎となっている。